调查显示，2013年，受物流业全行业纳入营业税改征增值税试点影响，90%的调查企业缴纳增值税与营业税体制下缴纳营业税相比有所增长，平均增长52.9%。分类型看，运输型企业增值税增长116.2%；仓储型企业增值税增长10.8%；综合型企业增值税增长51.8%。对于税负增长的原因，24.8%的调查企业认为“营改增”税率设置过高；28.0%的企业认为抵扣进项税额少；29.2%的企业认为抵扣发票难以取得；12.4%的企业认为财政补贴政策难以落实。

调查显示，运输型企业税负增加明显，主要原因是“营改增”税率设置过高。在营业税体制下，交通运输业执行3%的税率，且长期实现差额纳税政策，据测算实际税负率在1.88%左右。“营改增”以后，需按照“货物运输服务”税目执行11%的税率，实际税负率在4.2%左右。企业普遍反映可抵扣进项税额偏少，工资、房屋租金、过路过桥费等都主要费用都不在抵扣范围，存量固定资产也不能进行抵扣。此外，实际进入进项税额抵扣的比例更低。如，许多地方高速公路加油难以取得增值税专用发票。上海、北京等先期试点省市对企业税负增加情况进行了财政补贴，这一问题尚未凸显。随着“营改增”在全国推开，这种临时性的补贴政策很难延续，导致全行业特别是运输型企业出现税负增加的问题。由于物流行业较为分散，企业议价能力低，增加的税负难以通过提价转嫁给客户，这对于本就微利的物流行业难以承受。

2.国际货代业免税政策尚未落实

财政部和国家税务总局于2013年12月出台的财税〔2013〕106号文，规定国际货物运输代理服务免征增值税。国际货代企业普遍反映，许多地方税务机关在解释和执行该政策时规定：只有与国际运输企业签订国际运输合同的国际货代企业才可以享受增值税免税政策。由于目前国际货代业中70%以上的企业并不与国际运输企业直接签订合同，而是采取层层分包的形式，通过多级国际货代的分工合作共同完成国际货代业务。按照各地税务机关的规定，绝大多数国际货代企业将无法享受国际货代免税政策。该项政策解释与行业实际情况不符，业内企业反映强烈。

鉴于上述情况，财政部税政司于2014年1月22日以官方解读的方式对国际货代免税政策进行了进一步明确，强调只要试点纳税人提供的是国际货代服务，无论是否与国际运输企业发生业务往来，均可以适用增值税免税政策。然而，企业反映各地税务机关在实际操作中，认为财政部税政司的政策解读并非以正式文件的形式发布，因此不能作为政策执行依据。受此影响，行业已经陷入严重混乱状态。企业积压了大量的发票无法及时开具，也无法向客户收款。更为严重的是，正在出现大规模迁往境外注册公司的风潮，贸易结算地和运费结算地加快转向境外，税源随之流失，对国家的经济安全也会产生不利影响。

3.快递业税务处理成难题

根据财税〔2013〕106号文规定，快递业务根据服务环节的不同，